克娄巴特拉陷入了举步维艰的困境。她的盟友一败涂地，罗马军团丧失殆尽，王国内部叛党横行，就连价值连城的塞浦路斯岛也落入敌人手中。雪上加霜的是，中东地区正在沦为布鲁图和卡西乌斯耀武扬威的天下，亲恺撒势力的最后一丝抵抗也随之灰飞烟灭，埃及成为他们的下一个目标——一头富饶而肥沃的猎物——敌人或许有意废黜克娄巴特拉，扶持阿尔西诺伊取而代之。据阿庇安称，公元前43年年末，“卡西乌斯将他的目光转向了埃及……他一度认为，埃及的现状对自己的计划十分有利，因为在饥荒的蹂躏下，这个国家已经无力维持一支常备军队”。
克娄巴特拉内心的焦虑可想而知。她已经失去了恺撒的保护，而远在罗马的安东尼此时一面忙于巩固权力，一面还要疲于应对西塞罗家喻户晓的《斥安东尼篇》，在饥荒肆虐和强敌来犯的内忧外患之中，这个国家已经陷入山穷水尽的境地……而她又该何去何从？
事实上，女王并没有选择坐以待毙。在她身边的王位上又出现了一位新“丈夫”的身影。公元前44年8月末，托勒密十四世去世，死因至今仍扑朔迷离。许多现代历史学家怀疑，正是克娄巴特拉派人杀害了自己的弟弟，以防他成为傀儡卷入推翻自己统治的密谋。倘若传闻属实，其中渗出的冷酷和无情也将成为贯穿她一生的鲜活注脚。至此，克娄巴特拉的所有至亲几乎无一幸存——包括她的父亲、母亲、姐姐贝蕾妮丝四世以及她的兄弟托勒密十三世和托勒密十四世。唯一尚在人世的只有阿尔西诺伊，而克娄巴特拉已经对她起了浓浓的杀意。