昭君伤心地离开了，目送她离去的元帝也不得不乘车回咸阳，可是每过一道宫墙，每走一条回廊，两个相爱之人的距离便远了几里。对元帝来说，汉宫之内，只余一片孤寂，只剩凉夜昏月，只闻寒蝉悲泣。再也听不到昭君的琵琶声了。
这一段曲子情感缠绵悱恻，马致远笔下的汉元帝，多情得超乎想象。但剧情没有就此打住，还有更悲惨的事情发生了。
得到王嫱的单于率兵北去，王嫱却做出了惊世之举。她一方面不舍故土，另一方面思念元帝成疾，便在汉番交界的黑龙江投水而死。昭君死的当夜，汉元帝做梦惊醒，突闻窗外孤雁哀鸣，顿时泪如泉涌。他跌跌撞撞地跑出寝殿，叫宫人去打听昭君的消息，才知昭君刚刚已经自尽。而单于怕和汉室因此起了干戈，将画师毛延寿遣送回来。
元帝痛煞，几欲撞墙，下令叫人砍了毛延寿的脑袋，以慰藉昭君在天之灵。数年后，元帝也抑郁而亡。
在《汉宫秋》里，王嫱与元帝虽然生不能在一起，但得到了共同赴死的结局，这是马致远对忠贞爱情的理解。
历史上的王昭君，为了更远大的目标顽强地留在蛮荒之地，既传播中土文化，又宣传和谐共处的观念，匈奴人因此而受益良多，并奉她为神女，在大青山脚下为她建造了永世不倒的衣冠冢。而《汉宫秋》戏里的王嫱惹人生怜，一心守护自己的爱情，在爱情不能完美时则捐躯赴国。